Sử sách không chép rõ về xuất thân của Tô Trung Từ, chỉ biết ông là em vợ của Trần Lý, hào trưởng vùng Hải Ấp (Nam Định, Thái Bình) và là người cùng họ với quan phụ chính Tô Hiến Thành. Khoảng thời gian trước khi xảy ra loạn Quách Bốc, ông làm chức quan nhỏ trong triều, có quen biết với thái tử Lý Hạo Sảm con vua Lý Cao Tông.

Thời đó vua Lý Cao Tông chơi bời, chính sự rối ren, giặc giã nổi dậy. Năm 1209, vua Cao Tông nghe lời gian thần Phạm Du, giết trung thần Phạm Bỉnh Di. Bộ tướng của Bỉnh Di là Quách Bốc khởi binh báo thù cho chủ, đánh vào kinh thành, lập con thứ của vua là Lý Thầm làm vua. Vua Cao Tông chạy lên Quy Hoá, thái tử Sảm cùng mẹ và hai em gái chạy về Hải Ấp, nơi Trần Lý cai quản. Một thủ hạ của thái tử Sảm là Lưu Thiệu đi theo Trần Lý.

Nghe theo lời khuyên của Phạm Ngu, Trần Lý và Tô Trung Từ bèn đón thái tử Sảm về Lý Nhân lập làm vua, tôn xưng là Thắng Vương, ra lệnh giáng Lý Thầm làm vương. Sau đó thái tử Sảm lại trở về ở thôn Lưu Gia quê Tô Trung Từ. Thấy con gái của Trần Lý là Trần Thị Dung có nhan sắc, Lý Sảm bèn lấy làm vợ. Trần Thị Dung tức là cháu gọi Trung Từ bằng cậu. Nhân đó Trần Lý được phong làm Minh Tự, Phạm Ngu làm Thượng phẩm phụng ngự, Tô Trung Từ làm Điện tiền chỉ huy sứ.

Biết tin thái tử Sảm lập triều đình riêng và tự ý phong tước cho Trần Lý, Tô Trung Từ, Phạm Ngu... nên vua Lý Cao Tông ở Quy Hoá muốn đánh dẹp, bèn sai Phạm Du đi để liên lạc với họ Đoàn (Đoàn Thượng, Đoàn Văn Lôi) ở vùng Hồng. Nhưng Du lại ham sắc, tư thông với công chúa Thiên Cực, nên lỡ hẹn với họ Đoàn. Khi Du lên thuyền đi gặp họ Đoàn, tới Ma Lãng thì bị quân của hào trưởng Bắc Giang là Nguyễn Nậu và Nguyễn Nải đón bắt và giết chết.

Trần Lý và Tô Trung Từ bèn mang quân đánh về kinh thành dẹp Quách Bốc để lập công với nhà Lý. Cuối năm 1209, loạn Quách Bốc bị dẹp, Trần Lý tử trận, Tô Trung Từ đón vua Cao Tông về cung. Do Phạm Du đã chết mà thế lực Trung Từ mạnh nên vua Cao Tông buộc phải dựa vào Trung Từ.